總兵府是明清時代南澳總兵的衙署，最初建于明朝萬歷四年（1576年），由當時的南澳副總兵晏繼芳建造，現在的建筑是于1933年重新建造的

總兵府前現遺存有八千斤，六千斤土炮各一尊

此外，府前還有兩棵大榕樹，據說已有410年的樹齡，其中一棵樹圍達14米，枝葉繁茂，生機旺盛，相傳明朝末年鄭成功曾在樹下講演，招兵去收復臺灣

所以這樹后人又稱“招兵樹”，府內右側院墻上鑲嵌著23塊歷代南澳保存的古碑，其中一塊是中國最早的港務約法，一塊稅務碑，具有重要的歷史文物價值

南澳總兵的衙署，俗稱總兵府，位于深奧鎮大衙口

明萬歷三年（1575）九月朝廷詔設協守漳潮等處專駐南澳副總兵，翌年南澳副總兵晏繼芳于此始建衙署，至萬歷九年，副總兵侯繼高增建總兵府后樓，完整總兵衙署配備

清康熙二十四年（1685）起，朝廷于此升設總兵，原總兵府有主座虎節堂、兩廂、前座、門埕、兩廊、帥旗、鐘樓、鼓樓、東轅門、西轅門等單元建筑，占地4000平方米

建筑3300平方米。總兵府歷經多次修繕，民初作縣署（民國十五年起移至隆澳即今后宅鎮），1950年后作鄉、公社、區、鎮人民政府辦公處，現代1983年辟為旅游點而重建

南澳島地處東南沿海要沖，介于粵東閩南之間，是軍事要地

因朝廷為防南澳擁兵自重，故以海島中間雄鎮關為分界線，將之劃由閩粵共管，以之受兩省總兵節制又制兩省之兵

隨著明清海禁加劇，政府之限制愈厲害，民間走私便愈加猖獗，加上倭寇侵擾海盜盤踞，南澳駐兵規格逐步升級，最后成為控制閩粵臺海域的重地，據資料統計，明清南澳總兵、副總兵共有一百五十七任，而多達一百四十七人。